Durante l'età della pietra ci fu qui il primo insediamento, nell'anno 90 i Romani ci costruirono un piccolo forte e nel 179 venne edificata una fortezza legionaria.
Tra il 356 ed il 358 una invasione distrusse questa città, e nel 739 venne fondata la diocesi di Ratisbona.
Nel XII e XIII secolo la città raggiunse il suo apice politico ed economico, poichè si trovò in mezzo all'incrocio di importanti strade commerciali.
Durante la seconda guerra mondiale la città fu colpita dai bombardamenti, dopo la guerra la città attirò grandi imprese soprattutto automobilistiche e dell'industria elettronica.
Ratisbona è entrata a far parte dell'elenco del Patrimonio Mondiale dell'UNESCO nel 2006.